Вътрешните одити са част от системата за управление на качеството и са описани като същност в Наръчника по качеството на СУ. Специално разработената Процедура за вътрешен одит определя реда, изискванията и отговорностите за планиране, организационно обезпечаване и документиране на вътрешните одити и разписва подробно процеса по осъществяването им. Вътрешните одити се прилагат във всички основни и обслужващи звена на Университета, като се извършват от независими одитори по отношение на одитираното звено. В ролята на вътрешни одитори се включват представители на преподавателите и на администрацията и са предварително обучени като вътрешни одитори.
Според заложеното в Наръчника по качеството, на базата на резултатите от проведените вътрешни одити и констатираните от тях несъответствия, се предвиждат коригиращи действия. За предприемане на подходящи коригиращи действия е разработена писмена процедура „Коригиращи действия“, която задава механизъм за оценка и решаване на възникналите проблеми. Механизмът включва: извършване на прегледа на несъответствията; определяне на причините за появата им; оценяване на необходимостта от предприемане на действия, за да не се повтарят несъответствията; определяне и прилагане на необходимите действия; записи за резултатите от приложените действия; оценяване на ефикасността на предприетите коригиращи действия. Огласяването на резултатите и изводите от проверката на съответствието на стандартите и процедурите в системата по управление на качеството се извършва основно чрез решения на основните управленски органи в университета – декански и факултетни съвети (на ниво факултет) и Академически съвет (на общоуниверситетско равнище).
През 2014 г. и през 2016 г. бяха проведени две обучения на групи от вътрешни одитори, в които се включиха представители на преподавателите и на служителите на СУ. За целите на обучението бяха разработени редица помощни документи - изготвяне на ръководство, помагала и методика за провеждане на обучението, въпросник за провеждане на вътрешен одит, примерна карта за несъответствие, дневник на несъответствията и др. Вътрешните одитори работят на доброволен принцип.
Одитирането се извършва по определен годишен график, с въпросници и програма за провеждане на вътрешен одит за всеки отделен факултет. До момента е направен одит на качеството на обслужването на студентите от инспекторите „Студенти“ във факултетите и одит на процеса на хоноруване на преподавателите в СУ.
Въвеждането на система за вътрешен одит откри за Университета възможност за преодоляване на несъответствията при обслужването на студентите, виждат се и добри практики в отделни факултети, които могат да се мултиплицират, става възможно да се приеме унифициране на подхода при документооборота и процедурите. Одитирането дава устойчив механизъм за навременно реагиране в проблемни ситуации, а също и механизъм за самонаблюдение и самоанализ, като се отчита в максимална степен спецификата на процесите в отделните звена.