Още от самото си създаване през 1923 г. Богословският факултет се помещава в сградата на Св. Синод на пл. “Св. Неделя”.
Оригиналната сграда е строена е строена през 1908–1914 г. по проект на виенския архитект Фридрих Грюнангер. По стил и украса тя се доближава до образците на старобългарското архитектурно изкуство. Керамични плочки по корнизите и прозорците, както и разноцветни обръчи опасват горния край на зданието. Над главния вход е изобразена картината на художника Н. Ганушев, посветена на учредяването на Българската екзархия през 1870 г. В сградата-паметник се намират Богословският факултет на Университета, библиотеката и Църковният историко-археологически музей.
През 1978 г. е изографисан параклисът, посветен на патрона на Софийския университет св. Климент Охридски. Стенописите са дело на художника Николай Ростовцев (русин, роден в Полша, участвал в гражданската война през 1917 г. и емигрирал с белогвардейските части през 1921 г., завършил Художествената академия в България през 30-те години на ХХ в.)
