Първите български университетски курсове по неорганична и органична химия се четат още през втората учебна 1889/1890 г. в новосформираното Физико-математическо отделение на Университета (тогава Висше училище).
Първите преподаватели са проф. Никола Добрев и проф. Пенчо Райков, получили образованието си в Йена, Женева и Лайпциг. В продължение на повече от четири десетилетия единствено тук се обучават специалисти с висше образование по химия. Окончателното оформяне на основните катедри, които съществуват и досега, става през 1925 г. От тази година пълноценно функционират катедрите Неорганична химия, Аналитична химия, Органична химия, Физикохимия, Органична химична технология и Неорганична химична технология. След края на Втората световна война специалност Химия се разраства значително, като броят на студентите се увеличава и химическото образование става едно от най-престижните и търсените у нас. През 1962 г. Физико-математическият факултет се разделя на три факултета и химическото висше образование се съсредоточава в самостоятелния Химически факултет. През 1973 г. се създава катедра Методика на обучението по химия, а през 1983 г. – Лаборатория по инженерна химична физика.
През вековната си история в Химическия факултет преподават и творят плеяда учени химици със световна известност – акад. Димитър Иванов – създател на българската школа по органична химия, постигнал забележителни резултати в областта на органометалните съединения, проф. Захари Караогланов – създател на първата в Европа самостоятелна катедра по аналитична химия (1924), оставил името си свързано с електрохимичната кинетика, проф. Иван Странски и акад. Ростислав Каишев – създатели на българската физикохимична школа и на теорията на кристалния растеж, акад. Алексей Шелудко – създател на българската колоид-химична школа, акад. Георги Близнаков – с постижения в неорганичния катализ и кристализацията в присъствие на примеси, проф. Димитър Баларев, проф. Никола Пенчев, проф. Асен Златаров.
През 2012 г. Химическият факултет се преобразува във Факултет по химия и фармация с решение обнародвано в бр.16 на ДВ/24.02.2012 г.
Факултета по химия и фармация е равноправен и желан партньор на големите световни центрове за химически науки и образование. Преобладаващата част от преподавателите на факултета са специализирали, работили и преподавали в известни университетски центрове в Европа и Америка. Научните им трудове се публикуват в най-реномираните специализирани научни издания и намират широк отзвук в научната литература.