На 1 октомври 1888 година започват занятията във Висшия педагогически курс в София. Изминали са 4 десетилетия от времето, когато през българското Възраждане се изказва идеята за създаване на научен университет. За първи път въпросът за откриване на висше училище или университет у нас се поставя в член 69 на проекта за "Основен закон за училищата в българското княжество", минал само на първо четене в Народното събрание на 25. 11. 1880г. Проектът е подготвен от Иван Гюзелев и Иречек. От тогава до 1888г. въпросът за откриването на университета упорито се поставя от най-ревностните радетели за уредено българско образование, но среща и голяма съпротива. Ще отбележим само следните факти:
На 6.10.1882г. Иречек пише в дневника си: "Днес ние трима Генчев, Вацов и аз пофантазирахме за български университет, пресметнахме за юридическия факултет (7 души професори), физико-математическия (6 души) и историко-филологическия (5 души) всички с тригодишен курс, приблизително на 300000 фр. годишно; сиреч толкова колкото струва държавния съвет. За сграда ще служи разбира се сегашната гимназия."
На прощалната си вечеря на 12.9.1884г. Иречек вдига наздравица за "бъдещия български университет", макар че е "преситен с досади и интриги" в България, и че преди това изповядва" че е дошъл в България флегматичен и спокоен", но че е бил станал отпосле твърде нервозен, при толкова неприятности и такъв труден живот".
След много перипети тази идея се осъществява в твърде скромна форма през 1888г. Министерство на народното просвещение решава да открие в София двегодишен Висш педагогически курс. Една комисия към него изработва "Временни правила за уреждането на Висш педагогически курс в София". За отбелязване е, че в нея влизат лица, които по-късно играят важна роля в историята на Софийския университет, а именно философът Иван Георгиев, литературоведът Иван Шишманов, математикът Емануил Иванов, филологът Любомир Милетич. Висшият педагогически курс се открива на 1.(13.) 10. 1888г. като работа започва само Историко-филологическия отдел. Вторият, физико-матаматическия отдел на Висшия педагогически курс, наречен на 18. 12. 1888г. "Висше училище", се открива през месец октомври 1889г. Една от специалностите на втория отдел е "математика и физика". Първите преподаватели - математици в нея са: чехът Теодор Монин, назначен като редовен преподавател от 1.9.1889г. и Емануил Иванов, назначен като извънреден преподавател от 1.10.1889г. С това, както отбелязва в своя статия акад. Б. Петканчин, за пръв път влиза официално в нашата страна "висша математика".
Със закон от 24.12 1894г. във "Висше училище" се създават факултети, факултетни съвети и се въвеждат длъжността декан и званията професор и доцент, а със закон от 29.1.1904г. "Висше училище" се преименува в университет с три факултета, един от които е физко-математическият. Във вторият от тези закони изрично се споменават вече оформилите се катедри във всички факултети. По математика те са: Основи на висшата математика, висш анализ, геометрия и аналитична механика.
След Теодор Монин и Емануил Иванов, до 1897г. включително, във Физико-математическия факултет последователно постъпват математиците:
- Антон Шоурек - от 1.10.1890г.
- Владислав Шак - от 1.10.1891г.
- Михаил Момчилов - от 1.10.1891г.
- Атанас Тинтеров - от 1893г.
- Спиридон Ганев - от 1.10.1893г.
Това са математиците в този факултет от така нареченото първo поколение, които полагат основите на висшето математическо образование у нас.
От 1889г. до 1990г. престижът на Физико-математическия факултет постепенно нараства и докато в началото на този период се изказват опасения, че няма да се намерят достатъчно кандидати за записване в него, то в края на този период той почти напълно задовалява нуждите на страната ни от учители, а по-късно и за преподаватели в самия него.
Първият випуск "физико-математици", завършили през 1892г. се състои от "16 питомци от различни краища на страната". Те са: Кирил Джанов от Карлово, Тодор Обрешков от Търново, Христо Мазнев от с. Радковци - Тревненско, Тодор Добринов от Свищов, Иван Куюмджиев от Ески Джумая, Иван П. Димчев от с. Стралджа - Ямболско, Тодор Тодоров от Сливен, Стефан Радославов от Търново, Иван Гарванов от Стара Загора, Коста Атанасов от Търново, Тодор Свещаров от Чирпан, Васил Русчев от Бяла черква - Търновско, Илия Т. Илиев от Стара Загора, Методий Божинов от с. Крива Бара - Ломско, Тодор Радов от с. Али паша - Чирпанско, и Антон Кравков от Казанлък.
Първият доцент във факултета - негов възпитаник е Георги Стоянов, назначен за доцент през 1909г.
През 1907г. Софийският университет, а заедно с него и Физико-математическия факултет прекарват тежко изпитание. Поради освиркването на Фердинанд от студентите, университетът е затворен, а професорите уволнени. След няколко месеца университетът е отворен и са назначени други професори. След още няколко месеца обаче друг министър уволнява новоназначените професори и възстановява старите.
След две години ново нещастие сполетява математическия инстинут. Във връзка със скандал между проф. Спиридон Ганев и студенти през 1910 г., професорите Емануил Иванов и Атанас Тинтеров демонстративно напускат университета, а през 1911 г. проф. Спиридон Ганев е отстранен от университета. През 1912 г., като участник в Балканската война, умира доц. Георги Стоянов. Така в математическия институт до 1.10.1914 г. остават само проф. Антон Шоурек и младите асистенти, възпитаници на университета, Кирил Попов, Иван Ценов и Любомир Чакалов.
От 1889 г. до 1904г. сградите, в които се е помещавала специалността математика, е била на ул. Московска 13, от 1912 г. до 1931 г. - на ул. Сан Стефано 4, от 1931 г. до 1940 г. отново е на Московска 49, от 1941 г. до 1944 г. е на третия етаж на студентския дом на пл. Народно събрaние 10. От края на 1944 г. до 1948 г. кабинетите на преподавателите са на ул. Раковска 108, а занятията със студентите се водят на ул. Московска 13 и Московска 49. От 1948г. до 1951 г. кабинетите на преподавателите са на четвъртия етаж и на тавана на ул. Стефан Караджа 4, а занятията продължават да се водят на ул. Московска 13 и Московска 49. От 1951 г. до 1960 г. кабинетите на преподавателите и занянията по математика се преместват в северното крило на Ректората на Софийския университет на бул. Руски 15, от 1960 г. до 1971 г. те са на бул. Джеймс Баучер 1, а от 1971 г. до днес са в сградата на бул. Джеймс Баучер 5