През 1906 г. е проведен международен конкурс за сграда на Университета, спечелен от френския архитект Анри Бреасон. По редица причини обаче строежът не е осъществен и Ефорията по завещанието на братята Евлогий и Христо Георгиеви възлага на арх. Йордан Миланов да преработи проекта на Бреасон, независимо от несъгласието на университетските власти и на самия архитект Бреасон. На 30 юни 1924 г. основният камък на Ректората е положен западно от мястото на стария Моллов хан.
В проекта на Бреасон преобладават ренесансовите форми, а в проекта на Й. Миланов сградата има по-еклектичен вид с преобладаващ барок. Френският архитект проектира павильонно облика на Университета в седем отделни блока. Зданието на Ректората според проекта на Бреасон има само представителен характер и се състои преди всичко от главен вестибюл и аула. Фасадата представлява триумфална арка на българската култура от времето на княз Борис I с параден вход, флангиран от два лъва – пазители и статуи на древните гръцки философи Сократ и Платон между тях. В горната част архитравът завършва с ажурна колонада и две фигурални композиции с паметната за българския дух 886 година, отразяваща приемането на славянската писменост и култура на територията на средновековна България.
Проектът на Бреасон поставя по-голям акцент върху външния изглед на сградата. Арх. Й. Миланов залага повече на практичния ефект. По искане на Ефорията той променя фасадата и репрезентативния характер на вътрешното разпределение със създаването на голяма аудитория, а помещенията увеличава от 39 на 75. В същото време той внася значителни подобрения в архитектурния облик на фасадата чрез внушителна монументална пластика. От лявата и дясната страна на парадното стълбище са поставени двете седящи бронзови фигури на дарителите на Университета – братята Евлогий и Христо Георгиеви от Карлово (скулптор К. Шиваров).
Интериорът е в духа на възприетия бароков стил, но още по-изразителен и пищен. Видът на централното стълбище е в синхрон с теракотната мозайка на пода (от Чехословакия), с мраморните облицовки (от Италия), с пъстроцветните стъклописи на витражите (проф.И.Пенков, България и Ф. Майер, Мюнхен). Разрушените от бомбардировките през 1943–1944 г. стъклописи са възстановени от проф. Дечко Узунов (1983). Образите на светите братя Кирил и Методий, на св. Климент Охридски, отец Паисий, на княз Борис I и цар Симеон допълват в единна колоритна хармония архитектурната среда. Сградата и днес е една от най-красивите в София.
Тържественото освещаване се извършва на 16 декември 1934 г., когато представителят на Ефорията, министърът на просветата, проф. Янаки Моллов предава ключовете от сградата на Ректора на Университета проф. Васил Моллов. На 6 февруари 1935 г. Академичният съвет приема да се постави на централната университетска сграда надписът “Св. Климент Охридски”.
