Софийският университет осигурява административна подкрепа при кандидатстване и изпълнение на научноизследователски проекти чрез отдел „Проектна дейност“ и Научноизследователски сектор – НИС. В Университета не съществува отделно административно звено, което да поддържа само интердисциплинарни проекти. Интердисциплинарната наука обаче се насърчава и подкрепя на ниво проект чрез целеви покани в рамките на съществуващите програми, управлявани от Университета. Всички научноизследователски центрове и факултети, работещи с интердисциплинарни проекти имат специализиран административен персонал, който обслужва изпълнението на дейностите като част от екипа на съответния проект.